伊犁职业技术学院由伊犁畜牧兽医学校、伊犁州农业学校、伊犁农牧机械化学校于2002年合并组建而成。学院主管部门是伊犁州人民政府，现任校长买买提依明。新疆伊犁畜牧兽医学校、伊犁州农业学校和伊犁州农牧机械化学校结束了各自为政的历史，进入实质性合并阶段。新疆伊犁畜牧兽医学校、伊犁州农业学校和伊犁农牧机械化学校都是创建于50至60年代的中等专业学校。这三所学校建校以来，一直以提高劳动者综合素质为己任，为伊犁培养了一大批农、牧、林等专业技术入员，为促进自治州农牧业的发展发挥了重要作用。

      这三所学校的办学质量、办学模式、办学效益长期已不适应新的形势。办学层次低、办学规模小、资金缺乏、生源不足等问题都严重地制约了这三所学校的生存和发展。2000年，自治州将这三所学校合并事宜列入自治州深化教育改革工作之中，经过两年的调研、协调，2001年元月，伊犁职业技术学院的筹建工作正式提到重要议事日程。经过自治区专家组的评估，2002年元月28日，自治区人民政府正式批准成立伊犁职业技术学院。

      合并后成立的学院将集专科、中专、成人教育、在职培训为一体，通过产、学、研相结合，成为该州第一所高等职业技术学院。学院设有牧业工程、农业工程、机械电子化、城乡建设工程四个系43个专业，最终生源将达到4500人的办学规模。