新疆医科大学是1998年4月7日经国家教育部批准，1998年6月8日经新疆维吾尔自治区党委、人民政府宣布由原新疆医学院与新疆中医学院合并成立。同年9月10日，正式挂牌成立新疆医科大学。国家主席江泽民亲自为新疆医科大学题写了校名。现新疆医科大学设有八个学院（中医、基础、公卫、药学、临床、成教、高职、网络学院）两部、两系、五所附属医疗机构、一所附属卫校、两所附属护校和两所附属子校。现有1个本硕连读专业，16个本科专业和专业方向，28个专科专业和专业方向。拥有临床医学博士后流动站1个，博士学位点3个，设有6个自治区级研究所（中心），25个校级研究所（室），在全疆各地建有各类临床教学实习基地40余所，同时是全国《在职人员申请研究生学位》和《专业学位》授权单位，拥有硕士生导师、博士生导师审批权、教师系列副教授、卫生系列副主任医师评审权。

      学校现有教职工5405人，专业技术人员4290人，其中少数民族专业技术人员1296人。现有各类在校生13100余人，其中博士、硕士研究生441人，外国留学生30余人，本科生4244人，专科（高职）学生2310人，各类成教学生4130人，护校中专生1946人。截止2000年底，学校已累计为社会培养了24600多名医药卫生人才。全校有40多名专家享受国家政府特殊津贴，13位同志获自治区有突出贡献的优秀专家称号。全校近三年来共发表论文580余篇，有18项科技成果获得省级以上各级奖励。目前同美、英、法、日、哈萨克斯坦等7国的大学或科研机构建立了合作关系。学校图书馆拥有馆舍5452平方米，藏书30余万册。五所附属医疗机构中，第一附属医院、第二附属医院、附属肿瘤医院、附属中医医院均为国家三级甲等医院，附属新疆中医研究所为自治区唯一的中医药科研机构。各附属医院总床位数3085张，年门诊量达115万人次，年住院4.6万多人次，是一所名副其实的多民族、多学科、多层次、多功能的综合性医科大学。到2005年左右，我校将建成全面适应社会发展需要，能够为新疆医疗卫生保健事业提供完备服务，学科门类齐全，专业层次结构合理，中西医并重，融自治区医学教育中心、医疗保健中心、医学信息中心和继续医学教育中心为一体的综合性医科大学。为2015年将医科大学建成具有鲜明区域特色，在西北地区一流、在国内具有一席之地、在国际也具有较高学术地位和一定知名度的综合性医科大学奠定坚实基础。